Yu-Gi-Oh! volgt Yugi Mutou, een goedhartige middelbare scholier die de eeuwenoude Millennium Puzzle oplost, waardoor de geest van een mysterieuze farao in hem vrijkomt. Deze geest geeft Yugi verbeterde vaardigheden tijdens intense Duel Monsters-kaartgevechten - een strategisch spel waarin spelers krachtige monsters, spreuken en vallen oproepen.
Yugi neemt het samen met zijn vrienden Joey, Téa en Tristan op tegen talloze tegenstanders, waaronder de ambitieuze Seto Kaiba en andere machtige duellisten. Elk duel brengt nieuwe uitdagingen met zich mee, waarbij niet alleen hun vaardigheden op de proef worden gesteld, maar ook hun moed en vriendschap.
Terwijl het verhaal zich ontvouwt, probeert Yugi de geheimen van het verleden van de Farao te ontrafelen terwijl hij de strijd aangaat met sinistere krachten die gebruik maken van de kracht van de kaarten. Yu-Gi-Oh! is een verhaal over vriendschap, strategie en de magie van het geloven in het hart van de kaarten.