Naruto volgt Naruto Uzumaki, een temperamentvolle en ondeugende ninja uit de Hidden Leaf Village. Als wees gemeden door anderen vanwege de Nine-tails Fox die in hem verzegeld zit, droomt Naruto ervan om de Hokage van het dorp te worden - de sterkste en meest gerespecteerde ninja.
Ondanks zijn moeilijkheden traint Naruto onophoudelijk en vormt hij een band met zijn teamgenoten: de wonderbaarlijke Sasuke Uchiha, de intelligente Sakura Haruno en hun wijze mentor Kakashi Hatake. Samen staan ze tegenover gevaarlijke missies, machtige vijanden en onthullen ze duistere geheimen in hun wereld.
Tijdens zijn reis leert Naruto de ware betekenis van vriendschap, doorzettingsvermogen en de last van macht. Met epische gevechten, emotionele diepgang en thema's als hoop en acceptatie vertelt Naruto het verhaal van de onwrikbare vastberadenheid van een jongen om zijn eigen pad uit te stippelen en degenen van wie hij houdt te beschermen.